O Programa de Pós-Graduação em Zoologia (Mestrado acadêmico) da UESC foi o primeiro curso de Pós-graduação em  Zoologia [recomendado pela CAPES no Estado da Bahia. Atualmente inserido na área de Biodiversidade, o programa forma desde 2003 recursos humanos qualificados para atender a demanda em estudos e ações sobre a conservação, o manejo e a utilização da fauna brasileira. Os egressos atuam profissionalmente na docência, na pesquisa científica, em órgãos do poder público e no setor privado. Um total de 105 discentes já integralizou o curso e 29 mestrandos estão atualmente matriculados.

As pesquisas realizadas no âmbito do programa visam apresentar estratégias alternativas para o uso dos recursos naturais compatíveis com a manutenção da riqueza biológica de diversos ecossistemas; identificar espécies animais de interesse econômico e elaborar métodos racionais permitindo sua utilização; priorizar pesquisas permitindo o controle populacional de animais considerados "pragas" ao invés do seu extermínio; desenvolver estudos etológicos melhorando a conservação, o manejo e a utilização da fauna silvestre in- e ex-situ.